La storia di Marta ripercorre piuttosto fedelmente quella di altri centri della Tuscia viterbese, con l'alternanza al potere di importanti famiglie quali i Bisenzio, gli Orsini, e i De Vico. La casata che più stabilmente vi instaurò la propria supremazia fu quella dei Farnese, a cui si deve l'edificazione del palazzo omonimo e l'inclusione del borgo nel Ducato di Castro. Il borgo, tipicamente medievale, si compone di piccole abitazioni che, strette l'una all'altra all'interno di antiche mura di cinta, formano un insieme assolutamente omogeneo. La Rocca, edificata per volere di papa Urbano IV nella seconda metà del XIII secolo, è ridotta oggi a pochi ruderi, tra cui spicca, in migliore stato di conservazione, la caratteristica Torre dell'Orologio. L'isola Martana, contraltare geografico dell'isola Bisentina invece è legata ad eventi leggendari, primo fra tutti quello della morte di Amalasunta, figlia di Teodorico re dei Goti. La donna fu imprigionata e successivamente uccisa sull'isola da suo cugino Teodato, che intendeva usurparne il potere. Nel 1070 papa Gregorio VII vi trovò le ossa della martire di Bolsena, S. Cristina.