Il borgo medievale, adagiato sulle propaggini collinari dei monti Volsinii (le sue origini risalgono al III sec. a. C., ossia quando venne popolata dagli abitanti sfuggiti alla distruzione di Velzna) è uno tra i più importanti abitati etruschi dalla quale Bolsena sembra ereditare anche il nome. Nel IV sec. probabilmente a seguito delle incursioni dei Longobardi la città romana venne abbandonata e la comunità volsiniese andò ad insediarsi sulla rupe che ospita il quartiere medievale del Castello (sede del Museo territoriale del Lago di Bolsena) e che costituirà il primo nucleo abitato dell'odierna Bolsena. Nel 1398 il pontefice Bonifacio IX la concesse in vicariato alla casata dei Monaldeschi della Cervara. Tornata nel 1451 sotto lo Stato Pontificio, nel corso del Rinascimento, divenne meta preferita di Leone X Medici, Pio II Piccolomini e Paolo III Farnese. Gli scavi archeologici hanno riportato alla luce la zona del foro circondato da botteghe e da una grande Basilica, insieme a sontuose abitazioni private con pregevoli affreschi e complessi pavimenti a mosaico. Sui colli circostanti si sviluppano varie necropoli costituite da tombe a camera e a fossa, databili tra il III sec. a. C. e il IV sec. d. C. Il Medioevo è invece caratterizzato dalla possente mole del castello Monaldeschi (XII - XIV sec.). Il monumento più celebre di Bolsena è tuttavia la Collegiata di S. Cristina, patrona martire del luogo, le cui forme attuali si riferiscono, in gran parte, agli interventi tardo quattrocenteschi favoriti dal cardinale Giovanni de' Medici. All'interno della chiesa si è verificato nel 1263 il miracolo eucaristico grazie al quale il papa Urbano IV diede avvio alla festa del Corpus Domini.