L'origine del nome Canepina sembra essere legata all'antica lavorazione della canapa che in passato rappresentava una fonte di ricchezza per la comunità. Tale origine non può essere provata con certezza, comunque nel 1093 il nome appare per la prima volta in un documento. Reperti archeologici fanno risalire la presenza umana in queste zone fin dagli etruschi. Il borgo, tipicamente medievale, appartenne, come molte altre zone nella Tuscia, alla potente famiglia dei prefetti Di Vico che vi costruì un castello nell'anno 1000. Passato successivamente alla Chiesa, il papa Paolo III (Farnese) donò Canepina al figlio Pier Luigi. La struttura urbanistica di Canepina cambia notevolmente volto intorno alla fine del Quattrocento, quando fioriscono le committenze religiose. Nascono così molte chiese come quella di S. Maria (Collegiata), di S. Corona, di S. Giovanni, di S. Giovenale e di S. Maria del Fossattello. Inoltre nel 1487 vennero riparate le mura di Canepina includendo nella fortezza i borghi ed aprendo tre porte, una nel castello, la seconda verso Viterbo, la terza a S. Sebastiano.