Questo centro, era già abitato ai tempi degli Etruschi e dei Romani, come testimoniano alcuni reperti rinvenuti nelle campagne circostanti: pregevoli i resti di una villa romana del III secolo con pavimento a mosaico. Nel borgo medievale sono riconoscibili le case più antiche, prive di intonaco e con muri a pietra, mentre poco rimane della cinta muraria e del castello. Molti monumenti andarono distrutti durante le invasioni e i saccheggi che il paese subì nei secoli: la vicinanza della via Clodia e della via Cassia mettevano a repentaglio la sicurezza della cittadina, continuamente presa di mira dagli eserciti diretti a Roma. Tra le incursioni più disastrose si ricordano quelle dei Longobardi di re Liutprando e di Federico II. Nel corso dei secoli Villa San Giovanni fu sempre contesa tra le signorie locali e la Chiesa e passò dai Di Vico agli Orsini e da questi ultimi agli Anguillara, fino a quando papa Pio II decise di concedere il feudo nella Camera Apostolica, la quale diede in affitto tutte le sue terre. Tra i beni architettonici di pregio ricordiamo la Chiesa di S. Giovanni Battista, l'edificio religioso più grande del paese, eretto nel XVIII secolo grazie alle elemosine degli abitanti. Dal punto di vista archeologico invece conserva i resti di una villa Romana situati proprio nel cuore del paese, protetti da una copertura trasparente. Tra le chiese minori ricordiamo la basilica di S. Maria, che risale al XVI secolo ed è caratterizzata dalla presenza al suo interno di ben quattro altari barocchi, il più grande dei quali pregevolmente stuccato.